我校是以中医药学为主干学科的全国重点大学，中医学、中药学、中西医结合均具有一级学科博士学位授权;中医学、中药学、中西医结合、马克思主义、护理学、公共管理学、药学均具有一级学科硕士学位授权，囊括了42个二级学科博士学位授权点，47 个硕士学位授权点;设有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站。一级学科国家重点学科2个涵盖二级学科国家重点学科15个;国家中医药管理局重点学科48个;一级学科北京市重点学科2个，二级学科北京市重点学科8个，北京高校高精尖学科2个。第四轮全国学科评估中，中医学和中西医结合排名a ，中药学排名b 。中医学、中西医结合、中药学三个一级学科进入“双一流”建设行列。临床医学、药理学与毒理学esi排名进入全球前1%。
“双一流”建设学科3个：
1.中医学；2.中西医结合；3.中药学。
国家重点学科：
一级学科国家重点学科2个：
1.中医学；2.中药学。
二级学科国家重点学科15个：
1.中医基础理论；2.中医诊断学；3.方剂学；4.中医内科学；5.中医临床基础；6.中医医史文献；7.针灸推拿学；8.中医外科学；9.中医妇科学；10.中医骨伤科学；11.中医儿科学；12.中医五官科学；13.民族医药；14.中药学；15.中西医结合基础。
国家中医药管理局重点学科48个：
1.伤寒学；2.中医基础理论；3.中医脑病学(东直门医院)；4.中西医结合基础；5.中药化学；6.中药分析学；7.临床中药学；8.中医诊断学；9.中药鉴定学；10.中药药理学；11.针灸学；12.中西医结合临床(东方医院)；13.中医肝胆病学；14 .中医妇科学；15.中医全科医学；16.中医肺病学；17.中医内分泌病学；18.中医老年病学；19.中医急诊学；20.中医骨伤科学；21.中医血液病学；22.内经学；23.金匮要略；24.古汉语与医古文；25.中医脑病学(东方医院)；26.中医痹病学；27.中医肛肠病学；28.中医乳腺病学；29.中医周围血管病学；30.中医男科学；31.中医儿科学；32.中医眼科学；33.中医耳鼻喉科学；34.中医护理学；35.推拿学；36.中西医结合基础(药理)；37.中西医结合临床(东直门医院)；38.中医药信息学；39.中医文化学；40.中医神志病学；41.中医循证医学；42.中医体质学；43.中医药英语；44.中医国际传播学；45.中医药管理学；46.医药卫生法学；47.航天中医药学；48.航海中医药学。
北京市重点学科：
一级学科北京市重点学科2个：
1.中西医结合；2.护理学。
二级学科北京市重点学科8个：
1.中医临床基础；2.中医医史文献；3.中医外科学；4.中医药管理学；5.中西医结合临床；6.中医人文学；7.中西医结合基础；8.护理学。
北京高校高精尖学科2个：
1.中医生命科学；2.系统中药学。